免疫缺陷疾病的管理是一项复杂且细致的任务。对于患者而言，综合治疗是至关重要的，这包括医疗保健、营养管理、情绪关怀以及费用的妥善安排。患者需避免接触感染源，保持个人生活环境的卫生与隔离，甚至在具有一定抗体功能的情况下，定期接种死亡疫苗也是必不可少的。牙齿的健康也不能忽视，需要正确修复。
在感染发作的治疗中，抗生素的选用与剂量需特别关注。由于免疫缺陷患者可能迅速因感染而危及生命，因此对于任何感染迹象，都需要立即开始抗菌治疗。若初步选择的抗生素无效，或者面对常见的微生物感染，进行喉咙、血液等培养就显得尤为重要。
对于某些类型的免疫缺陷，持续性的预防性抗生素治疗是必要的。特别是在面对突然破坏性感染的风险，如Wiskott-Aldrich无脾综合征等，或是其他免疫治疗无效的情况下，这种预防性治疗显得尤为重要。
抗病毒治疗也是一部分治疗手段，其中包括使用金刚烷胺、阿昔洛韦等药物针对特定病毒感染进行治疗。
免疫球蛋白（IG）替代疗法是大多数抗体缺陷病的有效治疗方式。通过肌肉注射或皮射含有IgG等成分的溶液，提高血清中的免疫球蛋白水平。对于一些患者，可能需要大剂量或更频繁地注射。对于部分患者，血浆也被用来代替IG，但由于传播疾病的风险，现在已较少使用。血浆含有多种因素，对于肠道疾病、身体缺陷和顽固腹泻的患者尤其有效。
其他治疗方法还包括免疫增强剂、生物产品、激素等。对于某些特定的免疫缺陷疾病，如腺苷脱氨酶缺陷，牛腺苷脱氨酶与聚乙二醇结合（PEG-ADA）的酶置换治疗是有效的。
在极端情况下，移植有时能完全纠正某些免疫缺陷。例如，在严重的联合免疫缺陷和一些多变性的患者中，通过HLA同型、混合白细胞培养的MLC移植，匹配同胞的免疫重建患者已超过300例。这些手术需要在特殊的医疗中心进行，且需要严格的医疗监管与操作。
免疫缺陷疾病的治疗是一个综合性的工程，需要医疗专家、患者及其家属的共同努力与配合，以期达到最佳的治疗效果。
