尽管鸡蛋作为营养丰富的食品，但在食用过程中也有一些需要注意的地方。一项研究发现，吃鸡蛋数量最多的妇女因心脏病和中风死亡的概率相对较高，尽管统计数据显示两者之间的联系并不十分紧密。学者推测这可能与妇女患这两种疾病的概率本身就较低有关。
营养学家建议，煮鸡蛋的最佳时间应为沸水煮5至7分钟。长时间的油煎会使鸡蛋边缘烤焦，使鸡蛋清中的高分子蛋白质转化为低分子氨基酸，这种氨基酸在高温下可能形成有毒化学物质。煮蛋是最佳的吃法，但不宜过熟。
关于鸡蛋的摄入量，健康成年人每天食用1至2个为宜。老年人、脑力劳动者、孕妇、产妇、哺乳期女性以及身体虚弱的人应根据自身情况适量增加，但不应过多。营养专家建议，虽然鸡蛋是蛋白质丰富的食品，但摄入过多可能导致代谢产物增多和肾脏负担加重。健康成年人应密切注意通过肉类和乳制品等途径摄入的胆固醇数量，并尽量不吃蛋黄。
在挑选鸡蛋时，可以通过摇动鸡蛋听其声音来辨别其质量。良质的鲜蛋相互碰撞声音清脆，摇动时无声。而对于如何食用鸡蛋，除了煮蛋外，还可以选择蒸蛋羹或蛋花汤等形式，这些做法能使蛋白质更易被消化吸收。
还有一些关于吃鸡蛋的误区需要澄清。例如，产妇并不是吃鸡蛋越多越好，因为大量食用鸡蛋可能导致肝、肾负担加重，甚至引发不良后果。关于吃鸡蛋会导致胆固醇偏高的说法也是误区。实际上，蛋黄中的卵磷脂能使胆固醇和脂肪顺利通过血管壁被细胞利用，从而减少血液中的胆固醇。蛋黄中的卵磷脂还能提高脑功能，增强记忆力。生吃鸡蛋不仅不卫生，还可能导致细菌感染和生物素缺乏等问题。建议将鸡蛋煮熟后食用。
