卡氏肺囊虫是一种独特的真核微生物，它的形态变化多端，生命历程更是充满了神秘与复杂性。
在早期阶段，这种微生物以包囊的形式存在，它呈现为圆形或椭圆形的形态，直径在4至6微米之间。这些包囊的囊壁厚实，银染后呈现棕黑色，甲苯胺蓝染色后更是呈现出深邃的紫蓝色。随着生命的成熟，囊内的细胞逐渐被吸收，留下了八个囊内小体。这些直径在1至1.5微米之间的小体形态多变，膜薄且呈现单核特征。一旦包囊破裂，这些囊内小体便会释放出来，发育成滋养体。这些滋养体并不着色，它们以二分裂法的方式迅速繁殖。在严重的感染情况下，肺内会充斥着大量的滋养体，而包囊则相对较少。包囊无疑是确诊这种病症的重要线索。
关于卡氏肺囊虫的生物分类地位，学界一直存在争议。虽然其滋养体具有类似原虫的假足结构，不能在真菌培养基中生长，并对抗原虫药物敏感，但超微结构分析和分子学研究表明，它与酵母子囊菌有着密切的关系。尤其是线粒体DNA核苷酸序列与真菌的相似性超过了与原虫的同源性。尽管传统的抗真菌药物对其无效，但新的抗真菌药物已经显示出对其包囊壁β-葡聚糖合成的抑制作用以及对营养物质的活性。大多数权威文献和教科书倾向于将其归类为真菌。
对于健康人群来说，卡氏肺囊虫感染多为隐性。但在特定情况下，如早产儿、营养不良的婴儿、先天性免疫缺陷者以及获得性免疫缺陷者（如艾滋病、白血病患者）等，该感染可能转为显性。长期使用肾上腺皮质激素、细胞物或接受放射治疗的人群也是高风险群体。
当宿主免疫功能下降时，肺囊虫开始大量繁殖，直接损害上皮细胞，阻碍气体交换。其病理生理变化包括低氧血症、呼吸性碱中毒等。肺泡灌洗液中的表面活性物质磷脂成分减少，蛋白质增加。体外试验表明，这种原虫甚至能够抑制表面活性物质磷脂成分的分泌。
对于卡氏肺囊虫的研究仍然需要深入。这种微生物的神秘面纱尚未完全揭开，其生物分类地位、致病机制等仍有待进一步探索。对于广大科研工作者和医学爱好者来说，这无疑是一个充满挑战和机遇的研究领域。
