治疗中枢神经系统棘球虫病是一项复杂的任务，需要专业的医疗团队进行精细操作。目前，手术仍是治疗该疾病的唯一有效途径。手术的主要目标是彻底移除包囊，避免囊液泄漏引发的复发。
为了防止手术过程中的污染和术后的复发，国外的医疗团队采取了一些先进的措施。例如，对包囊进行袋冷冻后切除，防止泄漏，并对空腔进行0.5％AgNO3处理。还有医生尝试在切除之前，向包囊内注入10％的甲醛或过氧化氢，以杀死潜在的原始尾虫。虽然这种方法取得了一定的效果，但也伴随着一些不良反应。近年来，有医疗团队使用西曲溴胺代替甲醛，取得了满意的效果，且不良反应轻微。
在手术过程中，如果囊液污染了伤口，应立刻使用过氧化氢进行冲洗。当手术腔过大时，可以在腔内留置硅胶管，并在硬脑膜关闭前填充生理盐水，以减少术后脑移位和颅内气体积聚引起的感染风险。
除了手术治疗，药物治疗也是中枢神经系统棘球虫病的重要治疗手段。近年来，苯并咪唑类化合物成为研究的热点，并在临床试验中取得了一定的疗效。这类药物可以缓解症状，延长患者的存活期。在手术前后，药物治疗可以降低复发率，提高整体疗效。阿苯达唑和甲苯达唑是WHO推荐的抗包虫首选药物。
阿苯达唑口服后吸收良好，疗效显著，有取代甲苯达唑的趋势。剂量为每天10-40mg/kg，分两次服用，30天为一个疗程。根据病情，可以连续治疗几个疗程。还有研究表明，长期大剂量（每天20mg/kg）治疗可以取得更好的效果，疗程可达17-66个月（平均36个月）。一般患者能够耐受这种长期治疗，没有明显的毒副作用。但治疗过程中应定期检查肝肾功能和情况，孕妇不宜使用。
至于预后情况，它取决于多个因素，包括包虫囊肿的数量、大小、部位以及手术的及时性。及早进行手术干预，往往能够取得更好的预后效果。
