治疗慢性肾盂肾炎是一项复杂且需要耐心的任务。我们需要寻找并消除导致这一病症的易感因素，比如消除尿路梗阻、纠正尿路畸形以及提升机体免疫功能。对于肾功能受损的患者，特别需要注意保持水电解质的平衡，而高血压患者则应接受降压治疗。
在抗生素的使用上，慢性肾盂肾炎的治疗比急性肾盂肾炎更为棘手。不当的治疗不仅疗效不佳，还会因肾功能受损而影响预后。我们必须遵循以下治疗原则：
倾向于中西医结合，通常需要两种药物的联合应用。疗程可以适当延长，一般治疗2-4周后，如无效或复查，可以轮换应用敏感药物，每组1个疗程，疗程结束后停药3-5天，共2-4个月。对于长期抗菌治疗仍然无效或经常复发的情况，我们可以采取低剂量的长期抑菌治疗。一些常用药物如磺胺甲唑、呋喃妥因、头孢氨酞、阿莫西林、诺氟沙星等，可在每晚排尿后入睡前服用，可长期服用至6次至12个月后，以预防再发。
在进行抗菌治疗的我们必须时刻警惕并寻找、去除那些可能导致再感染的易感因素。急性发作期则按照急性肾盂肾炎的治疗方式进行用药。对于那些不易治愈的尿路感染，我们应尽可能纠正尿路梗阻或畸形，并在术前术后积极使用抗生素，以避免败血症的发生。
那么，何为治愈的标准呢？当症状完全消失，停药72小时后，连续三次的尿液常规和细菌培养都呈阴性，这被视为临床治愈。之后，每月复查的尿常规和细菌培养连续半年中两次呈阴性，才算真正达到治愈标准。
至于肾盂肾炎的预后，它主要取决于患者是否存在易感因素以及治疗的及时有效性。如果没有明显的易感因素，且得到及时治疗，无论是急性期还是慢性期，疗效都会比较理想；反之，如果存在明显的易感因素或治疗不当，慢性期可能会频繁复发，影响肾功能，预后不良。但适当的治疗和密切的随访观察也有助于改善预后。
